Uniwersytet Mikołaja Kopernika jest działającą w Rzeczypospolitej Polskiej publiczną uczelnią akademicką.
Misją Uniwersytetu Mikołaja Kopernika jest rozwijanie i upowszechnianie wiedzy, w szczególności przez traktowane jako jednakowo ważne:
- prowadzenie badań naukowych i udostępnianie ich wyników;
- nauczanie na poziomie akademickim oraz prowadzenie innych form działalności edukacyjnej i popularyzatorskiej, odpowiadających aktualnym i przyszłym potrzebom i aspiracjom społeczeństwa;
- kształcenie pracowników naukowych i związane z tym nadawanie tytułów zawodowych i stopni naukowych.
Misję edukacyjną i kulturotwórczą Uniwersytet Mikołaja Kopernika pojmuje jako swój obowiązek wychowawczy. Jest on wypełniany w ramach kształcenia uniwersyteckiego, obejmującego studentów Uczelni. Działalność ta jest prowadzona w zgodzie z uniwersalnymi zasadami etycznymi i regułami postępowania utrwalonymi w tradycji uniwersytetów europejskich.
W tradycję tę wpisany jest dorobek uniwersytetów polskich, poczynając od krakowskiego Studium Generale z 1364/1400 roku i będącej jego filią na północy kraju w XVII i XVIII wieku Akademii Chełmińskiej. Uniwersytet Mikołaja Kopernika uważa się także za duchowego spadkobiercę dawnych polskich uniwersytetów w Wilnie i Lwowie, których profesorowie i pracownicy wspólnie z uczonymi z Uniwersytetów: Jagiellońskiego, Warszawskiego i Poznańskiego budowali uniwersytet toruński w pierwszych dziesięcioleciach jego istnienia.
Jako sygnatariusz "Wielkiej Karty Uniwersytetów Europejskich" i "Karty Krakowskiej" Uniwersytet Mikołaja Kopernika dochowuje wierności fundamentalnym zasadom konstytuującym uniwersytet i jego tożsamość. Istotą ich jest wolność badań naukowych i treści nauczania, samorząd akademicki oraz prawo członków społeczności uniwersyteckiej do organizowania się w związki i stowarzyszenia.
Praca i postępowanie nauczycieli akademickich i studentów podlegają ocenie i samoocenie, których miarą jest rzetelność, wysoka jakość i głębokie przywiązanie do uniwersalnych wartości etycznych.
Usytuowanie Uniwersytetu Mikołaja Kopernika na pograniczu historycznych ziem Pomorza, Kujaw i Mazowsza oraz to, że jest on najstarszym uniwersytetem Polski Północnej w jej obecnych granicach, że z niego wywodzą się liczni nauczyciele akademiccy działający w wyższych uczelniach tego regionu, nakłada nań szczególny obowiązek służenia dobru tych ziem Rzeczypospolitej. Tak w badaniach naukowych, jak i w nauczaniu Uniwersytet Mikołaja Kopernika działa w wymiarze europejskim, uczestnicząc w najszerszym osiągalnym zakresie w akademickiej współpracy międzynarodowej.
Misję swoją Uniwersytet Mikołaja Kopernika realizuje w poczuciu służby prawdzie i wysokim ideałom ludzkości.
Senat UMK przyjął dokument określający misję naszej Uczelni na posiedzeniu w dniu 28 XI 2000 r.