Andrzej Jamiołkowski urodził się 22 marca 1946 r. w Toruniu. Jest absolwentem fizyki na Uniwersytecie Warszawskim (1969 r.). Stopień doktora uzyskał w 1973 r. na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu. Na UMK również habilitował się (w 1982 r.). W 1990 r. został zatrudniony na stanowisku profesora. Odbył liczne staże naukowe. Wykładał m.in. w Niemczech, Japonii i Wielkiej Brytanii. W latach 1979–1980 i 1984 był stypendystą Fundacji Alexandra von Humboldta.
Pełnił wiele ważnych funkcji na UMK: w latach 1985–1986 był wicedyrektorem Instytutu Fizyki, a następnie w latach 1986–1993 prorektorem UMK ds. nauki i współpracy
z zagranicą. Przez trzy kadencje pełnił funkcję rektora UMK. Jako prorektor i rektor Andrzej Jamiołkowski miał znaczący udział w rozwoju Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu.
W trakcie pełnienia funkcji rektora i prorektora Andrzej Jamiołkowski konsekwentnie działał na rzecz wzmocnienia pozycji Uniwersytetu. W tym czasie rozpoczęło działanie wiele nowych jednostek, np. Uniwersyteckie Centrum Nowoczesnych Technologii Nauczania, Centrum Studiów Europejskich, Studium Techniczne, Wydawnictwo Naukowe UMK, Gimnazjum Akademickie, pierwsze w Polsce Biuro Karier.
Za kadencji rektora Andrzeja Jamiołkowskiego rozpoczęła się budowa nowej siedziby Wydziału Prawa i Administracji, rozbudowa Szpitala Uniwersyteckiego Nr 1 im. dr. Antoniego Jurasza w Bydgoszczy. Pod koniec trzeciej kadencji przygotował do realizacji budowę Collegium Humanisticum, Interdyscyplinarnego Centrum Nowoczesnych Technologii UMK oraz Centrum Optyki Kwantowej UMK .
Wiedzę dotyczącą funkcjonowania szkolnictwa wyższego wykorzystał również przy tworzeniu w Polsce Państwowej Komisji Akredytacyjnej, której był pierwszym przewodniczącym (w latach 2002–2005). Wcześniej był wiceprzewodniczącym Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego, przewodniczącym Stowarzyszenia Societas Humboldtiana Polonorum. Jest honorowym senatoremUniwersytetu im. Carla von Ossietzky’ego w Oldenburgu
i uznanym autorytetem w dziedzinie fizyki matematycznej (w tym matematycznych podstaw mechaniki kwantowej). Jego nazwiskiem oznaczone są ważne pojęcia w zakresie kwantowej teorii informacji. Jest autorem kilkudziesięciu prac publikowanych w najbardziej prestiżowych czasopismach międzynarodowych, 7 podręczników i monografii w języku polskim i angielskim, redaktorem naczelnym czasopisma Reports on Mathematical Physics
i zastępcą redaktora naczelnego czasopisma Open Systems and Information Dynamics.